Aunque esta laguna no haga parte de la cuenca alta del río Bogotá, es una de las más importantes de las mitología muisca porque allí se dio origen a la humanidad. Así es el relato de Fray Pedro Simón:
“En el distrito de la ciudad de Tunja, a cuatro leguas a la parte Norte-Este, y una de un pueblo de indios que llaman Iguaque, se hace una coronación de empinadas sierras, tierra muy fría y tan cubierta de páramos y ordinarias neblinas, que casi en todo el año no se descubren sus cumbres si no es al medio día por el mes de enero (…) dicen los indios que a poco que amaneció apareció la luz y criadas las demás cosas, salió una mujer que llaman Bachué, (…) sacó consigo de la mano un niño de entre las mismas aguas, de edad de hasta tres años, y bajando juntos de la sierra al llano, donde está ahora el pueblo de Iguaque, hicieron una casa donde vivieron hasta que el muchacho tuvo edad para casarse con ella, porque luego que la tuvo, se casó, y el casamiento fue tan importante, y la mujer tan prolífica y fecunda, que en cada parto paría cuatro o seis hijos, con que se vino a llenar la tierra de gente, porque andaban ambos por muchas partes dejando hijos en todas, hasta que después de muchos años, estando la sierra llena de hombres y los dos ya viejos, se volvieron al mismo pueblo y del uno llamando a mucha gente que los acompañaba a la laguna de donde salieron, junto a la cual les hizo Bachué una plática exhortando a todos a la paz y conservación entre sí, a la guarda de los preceptos y leyes que les había dado”.
La importancia en la vida social y económica de la cuenca alta del río Bogotá se vio reflejada en la mitología y la cosmovisión muisca.
Los muiscas son una cultura que venera el agua. Y no es para menos, desde épocas prehispánicas ellos tuvieron a su disposición muchas fuentes del preciado líquido que provenía de los páramos de la cordillera Oriental. Por eso en muchos de sus mitos aparecen con frecuencia referencias al río Bogotá, eje de la vida económica y social de las poblaciones muiscas ubicadas entre Guacheneque hasta el valle del Tequendama, así como menciones a las lagunas sabaneras, incluidas las ubicadas en el departamento de Boyacá, tales como Iguaque.
Los cronistas españoles registraron esos mitos, pero como ha pasado con otras historias, estos escritos fueron distorsionados y transcritos de acuerdo con las creencias que ellos tenían. Las versiones más conocidas de la mitología muisca son las de Juan de Castellanos, Fray Pedro Simón y Lucas Fernández de Piedrahíta.
El mito más importante que involucra al rio Bogotá, tiene que ver con la creación del Salto del Tequendama, sus protagonistas son los dioses Huitaca, Chibchacum y Bochica.
De acuerdo con los cronistas Chibchacum, protector de Bacatá, se enfureció con su pueblo porque sus protegidos se dejaron seducir por Huitaca, que se había rebelado contra Bochica (el dios civilizador). Ella les enseñó a los chibchas las bondades de las fiestas y de la rebeldía. Entonces, los muiscas comenzaron a disfrutar de las borracheras, de las riñas y de los asesinatos. Olvidaron las costumbres enseñadas por Bochica como cultivar la tierra, hilar el algodón y observar las estrellas. Empezaron a andar desnudos y a comer raíces. Y dejaron de adorar al sol y a la luna.
Ese rompimiento de las leyes ancestrales practicadas desde el tiempo que no existían en la memoria causó un gran enojo a Chibchacum, quien decidió castigarlos con una espantosa inundación. Para ello, y de acuerdo con Fray Pedro Simón en sus Noticias Historiales, desvió los ríos de Sopó y Tibitó hacia la sabana central. Otras versiones indican que Chibchacum desató fuertes lluvias sobre la sabana que desbordaron las lagunas de Fúquene y Siecha. Poco a poco la tierra en la que vivían los muiscas de Bacatá comenzó a desaparecer por las aguas. Muchos murieron ahogados y los pocos sobrevivientes no tuvieron más remedio que subir a las cimas de las montañas, pero el nivel de las aguas no dejaba de subir.
Desesperados los muiscas pidieron la intervención de Bochica y le ofrecieron sacrificios y ayunos. El clamor fue escuchado y el dios decidió ayudarlos. En una tarde de plegarias el cielo aclaró y apareció un arcoíris de donde descendió Bochica con una vara de oro en las manos y les dijo a los muiscas de Bacatá “He oído vuestros ruegos, y condolido de ellos y de la razón que tenéis en las quejas que dais de Chibchacum, me ha parecido venir a daros favor en reconocerme: me doy por satisfecho en lo bien que me servís, y a pagároslo en remediar la necesidad en que estáis, pues tanto toca mi providencia, y así, aunque no os quitaré los dos ríos, porque algún tiempo de sequedad los habréis menester, abriré una sierra por donde salgan las aguas y queden libres vuesras tierras”, según Fray Pedro Simón.
Luego Bochica arrojó la vara de oro hacia el sur de la sabana. Dos peñas se abrieron y formaron el Salto de Tequendama, las aguas tomaron su curso hacia el sur y se formó el cauce del río Bogotá. Bochica, furioso por el castigo dado a su pueblo, condenó a Chibchacum a cargar eternamente la tierra sobre sus hombros.